Radnja treće sezone započinje nekoliko mjeseci nakon što je grupa preživjelih pobjegla s farme, a Lori se nalazi u zadnjem stadiju trudnoće. Ubrzo nailaze na napušteni zatvor koji je preplavljen zombijima te odluče živjeti u njemu. Tijekom osiguravanja prostora u kojem namjeravaju ostati, Hershel biva ugrižen za gležanj pa je Rick prisiljen amputirati mu nogu kako bi spriječio daljnje širenje zaraze. Nedugo potom nailaze na nekoliko preživjelih zatvorenika koji se nalaze zatočeni u kafeteriji. Dok Rick, Daryl i T-Dog pomažu očistiti odvojeni zatvorski blok u kojem bi zatvorenici trebali odsjesti, većina njih pogiba u novom napadu zombija. Rickova skupina pomaže preživjelim zatvorenicima (Axelu i Oscaru) da očiste jedan zatvorski blok, ali u konačnici im se njih dvojica pridružuju. Nova najezda zombija ponovno razdvaja preživjele. T-Dog biva ugrižen u borbi te žrtvuje samog sebe kako bi se Carol spasila, dok se Lori započnu javljati trudovi te ona inzistira na tome da Maggie obavi potreban hitan carski rez kako bi se spasila beba. Tijekom operacije Lori umire pa je Carl prisiljen pucati joj u glavu kako bi spriječio da mu se mama pretvori u zombija. Nakon nekoliko dana tugovanja, Carl i Rick maloj bebi daju ime Judith.